Citykyrkans församling bildades i december 1953 under namnet Salemförsamlingen då ca 20 personer med bakgrund inom Helgelseförbundet (HF) sluter sig samman.

Församlingens historia sträcker sig dock tillbaka redan till 1890-talets väckelse på landsbygden runt Linköping där Herren får använda HF:s evangelister på ett mäktigt sätt.
Ett flertal ungdomsföreningar / församlingar kom att bildas t ex i Örtomta. Med den samhälleliga strukturförändringen tvingades emellertid verksamheterna att sakta flyttas in till städerna. Denna utveckling är ganska typisk för flera av de tidigare HF-församlingarna, t ex Smyrna i Huskvarna och Mellringekyrkan i Örebro.
1919 bildas så en bönegrupp i Linköpings stad för enskilda möten med bön, nattvardsfirande och missionsoffer bildas. Bönegruppen är periodvis ganska aktiv och har t ex egen mötesverksamhet. Man samlades i hemmen till 1946, då HF:s expedition blev mötesplatsen.
Med offentliga möten började man 1952 i hyrd lokal. Processen att ombilda bönegruppen till församling blir lång, bl a gör HF ett försök att köpa Ebenezerkyrkan då den är till salu.

Efter församlingens bildande kom gudstjänsterna att hållas i en samlingssal vid Åbylundstorget men också tidvis i Svenska Frälsningsarméns lokaler som låg i samma kvartér som Citykyrkan nu ligger i.
Församlingens barn- och ungdomsarbete blev tidigt stor med verksamhet i Skäggetorp, Johannelund, Sturefors, Åbylund och sedan i centrum i Citykyrkan, vilken invigdes 1978. Under den senaste tioårsperioden har dock verksamheten koncentrerats till centrum.